Il s'agit d'une option : la Loi d’Orientation Agricole du 5 janvier 2006 prévoit la possibilité pour l'exploitant de créer un fonds agricole exploité dans l'exercice de l'activité agricole.
Il permet d'identifier la valeur économique de l'exploitation agricole, de clarifier les liens entre les patrimoines privé et professionnel et faciliter les transmissions d'exploitation.
Il peut faire l'objet d'un nantissement pour notamment garantir le remboursement d'un emprunt.
Le fonds agricole rassemble le cheptel mort (matériel, outillage) et vif (animaux), les stocks et, s’ils sont cessibles, les contrats, notamment le bail cessible.
En font aussi partie l’enseigne, les dénominations, la clientèle, les brevets et autres droits de propriété industrielle qui y sont attachés. Le foncier n’en fait pas partie.
En cas de cession à titre onéreux (vente, apport en société) ou à titre gratuit (donation) du fonds déclaré, le cédant ou le cessionnaire doit, dans un délai de trois mois suivant la date de cession, déclarer à la Chambre d'agriculture les données de cette cession (identité du nouveau propriétaire du fonds, son adresse...) pour l’inscription du fonds au nom du nouveau propriétaire. En cas de cessation d'activité sans transmission du fonds, celui-ci disparaît.
Si la Chambre d'agriculture a eu connaissance de la cessation d'activité agricole de l'exploitant elle pourra le mettre en demeure afin de pouvoir mettre à jour le registre des fonds. Sans réponse dans un délai de trois mois, elle radie d'office le fonds. Toutefois la loi ne prévoit pas la possibilité de supprimer le fonds ainsi déclaré, en cas de continuité d’exploitation.